L'Agència ha de dur a terme un procés d'avaluació dels expedients de registre que s'ha d'iniciar dos anys després d'haver finalitzat cada període de registre. En aquest procés s'ha de fer una comprovació de la qualitat de determinades parts dels dossiers de registre i s'han de valorar les propostes d'assaig.
D'altra banda, l'avaluació de les substàncies l'han de dur a terme les autoritats competents dels estats membres. L'ECHA ha d'establir els criteris per prioritzar l'avaluació de les substàncies atenent criteris basats en el risc per a la salut humana i el medi ambient, i ha d'adoptar les decisions finals relacionades amb l'avaluació de les substàncies.